Pada tanggal 8 Februari 1985, Panitia Kode Etik Penelitian Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FKUI) mengadakan Forum Diskusi mengenai Etika Penelitian Kedokteran. Diskusi ini menjadi langkah awal dalam membahas pentingnya pengaturan etika dalam penelitian kesehatan di Indonesia.
Selanjutnya, pada 17-18 Maret 1986, FKUI menyelenggarakan Lokakarya untuk mendiskusikan kemungkinan pembentukan Panitia Etik Penelitian, baik di tingkat institusi maupun nasional. Lokakarya ini juga membahas penyusunan Buku Kode Etik Penelitian Indonesia. Peserta lokakarya ini terdiri dari pimpinan Fakultas Kedokteran dari seluruh universitas di Indonesia, baik negeri maupun swasta.
Fakultas Kedokteran Universitas Padjadjaran (FK Unpad) merespons hasil lokakarya tersebut dengan membentuk Tim Etika Penelitian Kedokteran pada 1 Oktober 1990, berdasarkan Surat Keputusan Dekan FK Unpad No. 46/PT.06.H4.FK/Kep./N/90. Tim ini kemudian diperbaiki dan diubah namanya pada 3 Maret 1991 menjadi Komisi Etik Penelitian Fakultas Kedokteran Universitas Padjadjaran (KEPK-FK Unpad).
Pada 5 Juni 1995, RSUP dr. Hasan Sadikin (RSHS) membentuk Komisi Medik, dan KEPK-FK Unpad berubah status menjadi bagian dari Komisi Medik RSHS dengan nama Panitia Etika Penelitian. Pada 16 Juni 2009, terbit Surat Keputusan (SK) Bersama Dekan FK Unpad dan Direktur Utama RSHS (No: 7680/H.6.7/FKKep./KP/2009 dan No: HK.03.06/C011/6251/VI/2009) yang menetapkan KEPK berlaku selama 4 tahun.
Dengan semakin berkembangnya pemahaman mengenai kaidah Etik Penelitian, khususnya di bidang kesehatan dan kedokteran, KEPK-FK Unpad diperbarui untuk lebih komprehensif dan sesuai dengan standar Komisi Nasional Etik Penelitian Kesehatan (KNEPK). Sebagai hasilnya, pada 3 Januari 2012, Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Padjadjaran menerbitkan Surat Keputusan No: 50/UN6.C/Kep/HK/2012 tentang Komisi Etik Penelitian Kesehatan Fakultas Kedokteran Universitas Padjadjaran (KEPK-FK Unpad). Komisi ini kemudian didaftarkan ke KNEPK dan terafiliasi secara internasional dengan berbagai organisasi, seperti Office for Human Research Protection (OHRP) dari US Department of Health and Human Services (NIH-USA) dan Public Responsibility in Medicine and Research (PRIM&R). Pada 26 November 2014, KEPK-FK Unpad juga terekognisi oleh Forum for Ethical Review Committees in Asia and the Western Pacific (FERCAP).
Seiring waktu, struktur organisasi Komisi Etik Penelitian Universitas Padjadjaran terus berkembang. Berdasarkan Surat Keputusan Rektor No. 64 /UN6.RKT /Kep/HK/2018, sejak 24 Januari 2018, KEPK-FK Unpad berubah menjadi Komisi Etik Penelitian Universitas Padjadjaran (KEP Unpad), dengan status yang lebih terintegrasi langsung di bawah universitas.